Le Professeur Nagasaki et le Professeur Kawaguchi du Centre de Médecine génomique, École supérieure de médecine de l’Université de Kyoto

Le TS-2483XU-RP haute performance accélère et simplifie les analyses de données sur le génome.

  • Contexte

    Le Professeur Nagasaki et le Professeur Kawaguchi du Centre de Médecine génomique, École supérieure de médecine de l’Université de Kyoto étudient les génomes, les métabolites et les informations médicales. Leur objectif principal est de rechercher des facteurs liés aux maladies chez les humains. Ils dirigent des analyses de données à grande échelle de dizaines de milliers de personnes.

  • Défis

    Le génome comprend 3 milliards de paires de bases (3GB) par personne et lors de l’analyse du génome, ils doivent traiter une quantité extrême de données. Par conséquent, un stockage de haute performance était nécessaire. Auparavant, les professeurs utilisaient un stockage RAID directement connecté à chaque serveur de calcul en tant que stockage intermédiaire sur site pour accueillir toutes les données. Avec cette méthode, la vitesse E/S représentait un goulot d’étranglement et les données étaient littéralement disséminées sur plusieurs unités de stockage, ce qui les rendaient plus difficiles à utiliser pour ces chercheurs.

Solution

Les professeurs ont installé trois QNAP TS-2483XU-RP pour une vitesse E/S élevée avec une disponibilité, une rentabilité et une portabilité plus facile des parties après garantie (lorsqu’ils doivent relocaliser physiquement le NAS). Le TS-2483XU-RP est un NAS 24 baies de haute performance alimenté par des processeurs Intel® Xeon® E avec jusqu’à 128 Go de mémoire DDR4 ECC et deux ports 10GbE SFP+. Les professeurs ont également installé un autre stockage distribué à haut débit et l’ont intégré à un stockage intermédiaire comprenant un NAS QNAP pour stocker séparément les données en fonction de leur fin. Les données d’analyse sont stockées sur le stockage plus rapide et les données de base sont stockées en tant que données froides, qui sont essentielles, mais auxquelles ils n’accèdent pas fréquemment.

Résultats

Les professeurs ont obtenu une suite complète de stockage QNAP, ce qui leur permet de réduire considérablement les coûts d’apprentissage et de gestion avec une interface de gestion centralisée et une configuration basée sur l’IUG. Le NAS QNAP est facile à installer et est devenu indispensable comme appareil pour échanger des données avec des institutions externes. Il leur a permis d’améliorer le confort des utilisateurs via un accès aux données centralisé et de déployer un système de stockage rentable qui répond aux exigences E/S. Les professeurs établissent un environnement de cloud hybride qui combine trois infrastructures : serveurs sur site, clouds publics et Infrastructure de calcul haute performance (également appelée superordinateurs) sur le réseau d’information universitaire SINET*. Non seulement les professeurs utilisent le NAS QNAP comme stockage intermédiaire initialement prévu, mais aussi comme environnement E/S direct à partir des clusters d’ordinateurs. À l’avenir, les professeurs ont pour objectif de créer un environnement plus fluide dans lequel les données de chaque plate-forme sont centralisées ; et les utilisateurs peuvent utiliser les données désirées sans se soucier des différences de plates-formes et d’applications.

*SINET est l’infrastructure du réseau informatique universitaire des universités et des instituts de recherche japonais.

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