Professor Nagasaki e Professor Kawaguchi do Centro de Medicina Genómica, Escola Superior de Medicina da Universidade de Quioto

O TS-2483XU-RP de alto desempenho acelera e simplifica a análise de dados relativos aos genomas.

  • Contexto

    O Professor Nagasaki e o Professor Kawaguchi do Centro de Medicina Genómica da Escola Superior de Medicina da Universidade de Quioto estudam genomas, metabolitos e informações sobre saúde, tendo como principal objetivo procurar fatores relacionados com doenças em humanos. Realizam análises de dados em larga escala de dezenas de milhares de pessoas.

  • Desafios

    O genoma é constituído por 3 mil milhões de pares de bases (3 GB) por pessoa, e durante a análise do genoma, é necessário processar uma quantidade enorme de dados. Por conseguinte, foi necessário dispor de um armazenamento de alto desempenho. Os professores utilizavam anteriormente o armazenamento RAID diretamente ligado a cada servidor informático como armazenamento intermédio (nearline) nas instalações para alojar todos os dados. Com este método, a velocidade de E/S gerou um estrangulamento e os dados foram literalmente espalhados por várias unidades de armazenamento, tornando a sua utilização difícil por parte dos investigadores.

Solução

Os professores instalaram três QNAP TS-2483XU-RP para alta velocidade de E/S com disponibilidade de peças pós-garantia, eficiência de custos e portabilidade mais fácil (quando requerem a relocalização física dos NAS). O TS-2483XU-RP é um NAS de alto desempenho de 24 compartimentos com processadores Intel ® Xeon® E com até 128 GB de memória DDR4 ECC e com duas portas SFP+ de 10 GbE. Os professores também instalaram outro armazenamento distribuído de alta velocidade e integraram-no com armazenamento intermédio (nearline), composto por NAS QNAP, para armazenar separadamente dados com base na sua finalidade. Os dados de análise são armazenados no armazenamento mais rápido e os dados de base são armazenados como dados menos utilizados, que são essenciais, mas que são acedidos com pouca frequência.

Resultados

Os professores obtiveram um conjunto completo de armazenamento da QNAP, que lhes permitiu reduzir substancialmente os custos de aprendizagem e gestão, graças a uma interface de gestão centralizada e uma configuração baseada em GUI. O NAS QNAP é fácil de instalar e tornou-se indispensável como meio para o intercâmbio de dados com instituições externas. Permitiu-lhes melhorar a comodidade do utilizador através do acesso centralizado aos dados e construir um sistema de armazenamento rentável que satisfaz os requisitos de E/S. Os professores estão a construir um ambiente em nuvem híbrida que combina três infraestruturas: servidores nas instalações, nuvens públicas e infraestruturas interdisciplinares de computação de alto desempenho (conhecidas como supercomputadores) na rede de informação académica SINET*. Os professores utilizam os NAS QNAP não só como o armazenamento intermédio (nearline) originalmente previsto, mas também como um ambiente de E/S direto de clusters de computadores. No futuro, os professores têm como objetivo criar um ambiente mais homogéneo no qual os dados de cada plataforma sejam centralizados e os utilizadores possam utilizar os dados desejados sem estarem conscientes das diferenças nas plataformas e aplicações.

* SINET é a infraestrutura de rede de TI académica para universidades e institutos de investigação japoneses.

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