Il Professor Nagasaki e il Professor Kawaguchi del Center for Genomic Medicine, Kyoto University Graduate School of Medicine

Il TS-2483XU-RP ad alte prestazioni accelera e semplifica l’analisi dei dati del genoma.

  • Lo scenario

    Il Professor Nagasaki e il Professor Kawaguchi del Center for Genomic Medicine, Kyoto University Graduate School of Medicine si occupano dello studio di genomi, metaboliti, e informazioni sulla salute alla ricerca di fattori correlati alla malattia negli esseri umani come obiettivo principale. Conducono l’analisi su vasta scala di dati di decine di migliaia di persone.

  • Sfide

    Il genoma si compone di 3 miliardi coppie di basi (3GB) per persona, pertanto durante l’analisi del genoma viene elaborata una elevatissima quantità di dati. Per questo motivo è necessaria un’archiviazione ad alte prestazioni. In precedenza i professori utilizzavano l’archiviazione RAID collegata direttamente a ciascun server di calcolo come archiviazione near-line locale per accogliere tutti i dati. Con questo metodo, la velocità di I/O era un collo di bottiglia e i dati erano letteralmente sparsi su diverse unità di archiviazione, rendendo difficile l'utilizzo da parte dei ricercatori.

Soluzione

I professori hanno installato tre QNAP TS-2483XU-RP per velocità I/O elevate con la disponibilità di parti in post-garanzia, efficienza in termini di costi e facilità di portabilità (quando è necessario il riposizionamento fisico del NAS). Il TS-2483XU-RP è un NAS a 24 baie ad alte prestazioni gestito da processori Intel ® Xeon® E con memoria DDR4 ECC fino a 128GB oltre a includere due porte 10GbE SFP+. I professori hanno anche installato altri spazi di archiviazione distribuiti ad alta velocità e li hanno integrati con l'archiviazione near-line costituita da NAS QNAP per archiviare separatamente i dati in base al loro scopo. I dati di analisi sono archiviati nello spazio di archiviazione più veloce, mentre i dati di base sono archiviati come dati cold poiché sono essenziali ma a cui si accede con minore frequenza.

Risultati

I professori hanno creato una suite completa di archiviazione QNAP che gli ha consentito di ridurre sensibilmente i costi di apprendimento e gestione grazie a una interfaccia di gestione centralizzata e la configurazione basata su interfaccia utente. Il NAS QNAP è facile da installare ed è diventato indispensabile come mezzo di scambio dei dati con le istituzioni esterne. Gli ha consentito di migliorare l’usabilità mediante l'accesso centralizzato ai dati e la creazione di un sistema di archiviazione economico che soddisfa i requisiti di I/O. I professori stanno creando un ambiente cloud ibrido che combina tre infrastrutture: server locali, cloud pubblici e infrastruttura di calcolo ad alte prestazioni interdisciplinare (nota anche come supercomputer) sulla rete di informazioni accademiche SINET*. Non solo come originariamente previsto per l'archiviazione near-line, ma i professori utilizzano il NAS QNAP anche come ambiente I/O diretto da cluster di computer. In futuro, i professori puntano a creare un ambiente ancora più semplificato in cui i dati di ciascuna piattaforma sono centralizzati, e gli utenti possono utilizzare i dati desiderati senza preoccuparsi delle differenze nelle piattaforme e applicazioni.

*SINET è una infrastruttura di rete IT accademica per le università giapponesi e istituti di ricerca.

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